Od chwili wprowadzenia ustawy Apteka dla Aptekarza w 2017 r. liczba aptek spadła o 1200. Maleje również ogólna liczba farmaceutów zatrudnionych w aptekach. Od tego czasu Wojewódzkie Inspektoraty Farmaceutyczne i Główny Inspektorat Farmaceutyczny uzyskały uprawnienia nieznane do tej pory w żadnej innej branży. Mogą zamykać apteki na drodze prawomocnych decyzji, które podważyć może jedynie sąd administracyjny.
Inspektoraty Farmaceutyczne stały się wyrocznią dla wielu aptek, ponieważ mają możliwość decydowania nie tylko o jakości świadczonych w nich usług, tak jak ma to miejsce w krajach rozwiniętych, ale także o funkcjonowaniu wszystkich aptek na rynku, o ich własności. Inspektoraty mogą bowiem dowolnie interpretować i wydawać decyzje dotyczące zezwoleń na prowadzenie aptek i cofania tych zezwoleń – te zagadnienia są zazwyczaj regulowane przez inne instytucje, np. UOKiK, ale na rynku aptecznym wszystko dzieje się według oddzielnych praw. Właściciel apteki jest zostawiony sam sobie, gdyż niekorzystne decyzje podjęte przez GIF są prawomocne, a jedyną ścieżką odwoławczą są sądy administracyjne, które wydają wykluczające się decyzje, nawet po kilku latach.
Kontrowersje wzbudza wsteczne blokowanie aptek przez inspektoraty na podstawie zapisów antykoncentracyjnych ustawy, gdzie Główny Inspektorat Farmaceutyczny wykorzystuje przeróżne przesłanki do podważenia ważności pozwolenia na działalność, nawet gdy zostało ono wydane na wiele lat przed wejściem ustawy „Aptekam dla Aptekarza”. Podczas ostatniego posiedzenia Parlamentarnego Zespołu ds. Polityki Lekowej przywołany został przykład tych nieprawidłowości.
Aptekarz z Częstochowy wraz ze wspólniczką 20 lat temu założył spółkę i otworzył pierwszą aptekę w tym mieście. Kilka lat temu właściciel apteki chciał ją przekazać swojej córce farmaceutce, jednak do tego potrzebne były zmiany formalne, w 2018 r. dokonał więc zmian w KRS. Przedsiębiorca chciał pozostać w spółce z farmaceutką, ale już jako spółka z o. o., w której miał 100 proc. udziałów. Pomimo tego, że Ministerstwo Zdrowia interpretuje prawo na korzyść przedsiębiorcy, ten otrzymał sygnały z WIF, że może stracić pozwolenie na prowadzenie apteki. Pan Jerzy Tyś zdecydował o wycofaniu wniosku o przekształcenie struktury właścicielskiej, a WIF umorzył sprawę. Po roku Inspektorat zagroził farmaceucie odebraniem licencji na prowadzenie apteki, a co za tym idzie, straceniem dorobku życia. Wniosek o odebranie farmaceucie wszelkich pozwoleń wystosował Związek Aptekarzy Pracodawców Polskich Aptek, który jest związany z hurtowniami farmaceutycznymi.
W styczniu został odwołany Główny Inspektor Farmaceutyczny, jednak czas na przeprowadzenie konkursu na to stanowisku wskazuje, że kolejną nominowaną osobą na ten urząd będzie osoba ze środowiska Izb Farmaceutycznych. Nic więc nie wskazuje, żeby sytuacja na rynku aptecznym miała się zmienić na korzyść farmaceutów i pacjentów.